정상적 면역 체계에서는 신체 조직에 침입한 이물질에 대한 항체가 만들어진다. 이 항체 생성 기능에 이상이 생기면 자신의 신체조직을 이물질로 인식하게 된다. 자신의 신체를 공격 대상으로 인식하면서 항체를 생성한다. 이것을 '자가면역'이라고 한다. 이에 따른 항원항체 반응은 여러가지 질환을 일으킨다. 최근 수십년 간 자가면역질환 환자의 수도 늘고 있는 추세다.
자가면역질환에는 장기 특이적 자가면역질환과 전신성 자가면역질환이 있다. 장기 특이적 질환에는 소화기 점막 세포의 막에 존재하는 단백질인 내인성 인자에 대해 항체가 생기는 자가 면역성 빈혈, 췌장에 대한 자가면역 질환인 인슐린 의존성 당뇨, 갑상샘 자극호르몬 수용체에 대한 자가 항체가 생기는 그레이브스 병 등이 대표적이다.
전신성 자가면역질환에는 열, 무력감, 관절염 등의 증상을 동반하는 전신홍반성낭창, 다발성 경화증 등이 있다. 류머티즘 관절염도 전신성 자가면역질환으로 분류된다. 관절염은 대개 노화에 따른 퇴행성 질환이라고 생각하기 쉽지만, 류머티즘 관절염은 다르다. 류머티즘 관절염은 노화가 아니라 우리 몸의 면역체계 이상으로 발생한다. 원인은 정확히 밝혀지지 않았지만 우리 몸의 면역체계가 체내 관절을 공격해 염증을 유발하고 손상을 입힌다.