고촌은 1973년 자신처럼 꿈은 있지만 가난 때문에 힘들게 공부하는 학생들을 돕기 위해 종근당장학재단을 설립했다. 철공소 견습공, 쌀 배달원 등을 거쳐 약품 외판원을 하다 제약사를 만든 고촌은 가난을 이기는 길이 교육에 있다는 것을 누구보다 잘 아는 기업인이었다. 6.25 전쟁 부산 피란 시절, 종업원을 야간학교에 다니게 할 정도로 교육에 관심이 많았다. 재단은 이후 고촌장학회, 고촌재단 등으로 이름이 바뀌었으며 2010년 지금의 이름으로 자리잡았다.
재단은 지금까지 무려 9700여명에게 장학금 684억원을 지원하며 인재 양성에 기여했다. 재단은 학생들에게 장학금을 전달하는 데 그치지 않고 실제로 어떤 혜택을 줄 수 있는지 고민해서 실행했다. 2011년 서울 마포구에 고촌학사 1호관, 이듬해 동대문구 휘경동에 2호관을 짓는 등 대학이 많은 4곳에 기숙사를 지어 학생들이 주거 걱정 없이 ‘등 따시고 배 부르게’ 공부할 수 있도록 했다. 2013년에는 저소득 가정의 중학생 멘토링 사업과 해외 장학사업을 시작했다. 재단은 2005년 UN 결핵퇴치 국제협력사업단과 공동으로 ‘고촌상’을 제정, 매년 인류 건강에 기여한 인물이나 단체를 선정해 수상하고 있다.
초대 이사장은 황원성 당시 태광제약 사장이 맡았고 1990년 배턴을 이어받은 김두현 이사장이 지금까지 33년째 재단을 이끌고 있다. 김 이사장은 1926년 고촌이 태어난 충남 당진 출신의 후배로 고려대 법대를 졸업해 대구고등법원 부장판사, 국제법률가협회장, 대한변호사협회장, 언론중재위원장, 제7대 국회의원(민주공화당) 등을 역임한 법조인이다.
