이러한 분석 결과는 조류독감 바이러스가 감염된 새에서 젖소로 옮겨지고 감지되지 않은 채 5개월이나 장기 확산됐다는 것을 뜻한다. 이는 현재 보고된 것보다 미국 전역에서 더 많은 젖소가 조류 인플루엔자에 감염되었을 수 있음을 시사한다.
그러나 공개된 데이터에는 발병의 기원과 진화에 대해 밝힐 수 있는 중요한 정보가 포함돼 있지 않아 과학자들을 당혹스럽게 했다. 또 유전체 데이터가 발병이 발표된 후 거의 4주가 지나서야 공개된 것에 대해 우려도 나오고 있다.
전문가들은 젖소에 전파된 바이러스가 사람 사이에 전파될 가능성은 낮지만 전염성이 강한 호흡기 병원균의 경우 신속한 대응이 특히 중요하다고 강조했다. 미국 국립생명공학정보센터(NCBI)의 유전체 역학자인 마사 넬슨 박사도 "발병 대응에서, 여러분이 데이터를 더 빨리 얻을수록, 여러분은 더 빨리 행동할 수 있다"면서 1주일이 지날 때마다, 발병을 통제할 수 있는 시간이 좁아진다고 우려했다.
미국 연방 당국은 지난달 25일 젖소에서 고병원성 조류독감 변이가 발견되었다고 발표했다. USDA는 이후 9개 주 34개 소떼 감염을 확인했다. 3월 말과 4월 초 USDA는 텍사스주에서 표본으로 추출한 소수의 바이러스 서열과 인간 감염 사례의 유전자 염기서열을 세계독감정보공유기구(GISAID)에 공개했다.
21일에는 NCBI가 관리하는 유전자서열판돈아카이브(SRA)에 더 많은 염기서열 분석 자료를 게시했다. 여기에는 소, 닭, 고양이 등 239마리의 동물에서 나온 10기가바이트의 염기서열 분석 정보가 포함돼 있었다.
이를 분석한 미국 스크립스연구소의 컴퓨터 생물학자인 카틱 강가바라푸 박사는 12월말이나 1월초 야생조류로부터 단 한 번 유입된 바이러스에 의해 소 발병이 시작된 것으로 보인다고 밝혔다. 미국 애리조나대의 마이클 워비 교수(진화생물학)는 "지금까지 우리가 식별할 수 있는 종 도약이 단 한 번이란 것은 좋은 소식"이라며 "여러모로 나쁜 소식은 그것이 이미 몇 달 전부터 퍼지고 있다는 것"이라고 말했다.
이 데이터를 분석 중인 넬슨 박사는 해당 바이러스가 소를 감염시키는 유전적 다양성의 정도에 가장 놀랐는데 바이러스가 몇 개월에 걸쳐 진화했음을 뜻한다고 설명했다. 이러한 변이들 중에는, 과학자들이 포유류에서 퍼지는 적응 가능성과 관련이 있는 바이러스-단백질 부분의 변화도 포함돼 있다고 그는 지적했다.
해당 데이터는 감염된 소의 바이러스가 새와 고양이에게 전파되는 경우도 간혹 발견됐다. 넬슨 박사는"이것은 다중 숙주 발생"이라고 설명했다.
미국 앵커리지대의 에릭 보츠 교수(바이러스학)는 수개월 전의 한 번의 종 도약이 현재 이용 가능한 데이터에 근거한 "가장 신뢰할 수 있는 결론"이라고 말했다. 그러나 샘플이 감염된 소의 몇 퍼센트를 나타내는지 명확하지 않다는 점을 주의해야 한다고 그는 지적했다.
이는 많은 데이터 격차 중 하나에 불과하다. 과학자들은 각 샘플의 정확한 수집 날짜와 샘플이 수집된 주에 대한 정보가 부족하다고 지적했다. 이런 정보 부족은 바이러스가 언제 소에게 옮겨졌는지 또 바이러스가 어떻게 전염되는지 등의 의문을 풀기 어렵게 만든다.
또 하나의 미스터리는 인체감염 사례로 보고된 텍사스 낙농업자에게 채취한 바이러스 게놈이 소에서 관찰된 특징적인 돌연변이들 중 일부를 포함하지 않는다는 점이다. 한 가지 가능성은 그 사람이 별개의 바이러스 계통에 의해 감염돼 조사대상에 포함되지 않은 소를 감염시켰다는 것이다. 넬가능성이 낮은 또 다른 시나리오는 그 사람이 야생 조류로부터 직접 감염되었다는 것이라고 넬슨 박사는 설명했다.