전공의들은 수련 과정을 마친 뒤 군의관으로 입대하는 것을 조건으로 병역을 연기 중이다. 병역법 시행령에 따르면 본인 희망으로 의무사관후보생으로 편입된 사람은 병무청장 허가 없이 수련기관 또는 전공과목을 변경했거나 수련기관에서 퇴직한 경우 가까운 시일 내에 입영해야 한다.
국방부는 매년 2월 입영대상 의무사관후보생을 상대로 역종 분류를 진행하며, 그해 3월 의무장교 또는 공중보건의로 입영이 이뤄진다. 지금 전공의들이 사직 처리되면 내년 3월 입대하게 된다. 의무장교의 복무 기간은 총 38개월이다.
다만 '사직서 제출·근무지 이탈'을 '수련 중단'으로 간주할 것인지가 쟁점이다. 병무청은 보건복지부가 각 수련병원에 집단사직서 수리 금지 명령을 내렸기에 당장은 입영 여부를 판단하지 않고 추이를 지켜보겠다는 입장이다.
한편 최근 모 인터넷 커뮤니티에는 자신을 의사라고 밝힌 한 네티즌이 "사직한 전공의 후배가 일본 도쿄로 여행을 가려고 했더니 병무청으로부터 출국 금지를 당했다"며 "출국금지 영장도 안 나왔는데 출국금지라니 이거 위헌 아닌가"라는 글을 올려 논란이 일기도 했다.
관련 법에 따르면 군 미필 남성은 병무청 승인을 받아야 해외여행이 가능하다. 의대생과 전공의는 '의무사관후보생'을 선택하면 일반 병사 대신 의무장교 또는 공중보건의사 등으로 복무할 수 있다. 다만 수련 기간 중 해외여행을 가려면 소속 병원장 등의 추천서를 반드시 제출해야 한다.
병무청은 "기존에 적용되던 지침"이라며 "복지부로부터 업무개시명령을 받은 의무사관후보생은 소속된 기관으로 복귀해 근무해야 하는 사람이다. 본인이 사직서를 제출해도 퇴직 처리가 완료된 것으로 볼 수 없어 정상 수련 중인 사람과 동일하게 국외 여행 허가 민원을 처리하려는 것"이라고 전했다.