주로 사용되는 것은 항히스타민제다. 알레르기 비염은 히스타민이 과도하게 분비돼 생기기 때문에 이를 막는 것이다.
히스타민 농도와 관련이 있는 재채기나 콧물, 가려움 증상에는 항히스타민제가 효과적이다. 가장 많이 복용하는 약물이기도 하다. 졸음, 피로감, 집중 장애 등 부작용이 생길 수 있다. 많은 이들이 비염약이 내성이 있다고 잘못 알고 있지만, 항히스타민제는 내성이 없어 많은 이들이 찾는 약물이다. 다만 코막힘에는 효과가 크지 않아 만일 알레르기 비염 증상이 코막힘으로 나타났다면 코막힘에 효과 있는 다른 약물을 찾아보는 것이 좋다.
류코트리엔 수용체 길항제는 히스타민과 더불어 알레르기 비염의 염증 반응을 유발하는 류코트리엔의 작용을 막아 증상 완화에 도움을 준다. 만성 알레르기 비염 환자의 코막힘과 눈 뻑뻑함, 충혈과 같은 증상에 효과적이다. 항히스타민제와 달리 졸림과 같은 중추신경계 부작용이 없다.
비강 분무형 스테로이드제는 코에 염증 반응을 일으키는 여러 매개체의 작용을 차단해 증상들을 억제한다. 2주 이상 사용해도 내성이 생길 가능성은 낮다. 다만 임의로 투약을 중단하면 제대로 효과를 보지 못할 수도 있다. 전문의약품으로 분류되어 있기 때문에 의사의 처방을 받아야 한다.
이 외에도 코점막의 혈관을 수축시켜서 코막힘 증상을 완화하는 혈관 수축제도 있다. 알레르기 비염 환자의 코막힘 증상이 잘 개선되지 않을 때 사용할 수 있다. 다만 두통을 비롯해 불안, 초조, 수면장애 등 부작용이 있다. 항히스타민제와 다르게 7~10일 이상 사용하면 내성이 생길 수 있다.