투석을 하여야 한다면 혈액투석과 복막투석 중 무엇을 할 것인가를 정하여야 한다. 우선 환자가 처한 주변 상황을 살펴보고 환자 개개인의 환경에 맞게 잘 결정해야 한다. 예를 들면 거동이 어려운 사람이라면 혈액투석을 하기가 어렵다. 매주 3회 혈액투석실에 꼬박꼬박 다녀야 하기 때문이다. 또한 투석 시마다 4시간씩 투석에 매여 있어야 하므로 직업에 따라 혈액투석이 어려운 경우도 않다. 투석액 교환을 혼자 할 수 없는 시력상실자는 보조자의 도움 없이 복막투석을 할 수 없다.
다음으로는 환자가 가지고 있는 동반질환이 무엇이냐에 따라 투석요법을 선택한다. 심장질환이나 말초혈관질환이 심하거나 출혈 소인이 있는 사람은 혈액투석을 할 수 없다. 왜냐 하면 혈액투석은 혈액이 분당 200-300 mL 이상의 빠른 속도로 투석기로 갔다가 다시 몸으로 돌아오는 과정이 4시간 동안 지속되므로 이 과정에서 심장에 부담을 심하게 주고, 혈액이 오가는 과정 중 혈액이 굳지 않도록 헤파린을 투여하므로 혈액이 잘 응고되지 않을 수 있으며, 혈류 유지를 위해서는 굵은 바늘 2개를 꼽을 수 있는 숙성된 혈관이 있어야 하기 때문이다. 마찬가지로 최근에 복부 수술을 했거나, 탈장이 있다거나, 복강 내 유착이 있는 경우, 그리고 다낭신이 있는 경우 복막투석을 할 수가 없다. 복막투석은 도관을 복강 안에 심은 후, 이 도관을 이용하여 6시간마다 복강 내로 투석액을 주입하고 배액하는 투석 방법인데 이때는 복강을 복막투석을 이용할 수가 없기 때문이다.
투석 방법을 선택한 다음에는 각각의 투석을 위한 준비를 미리 해 놓아야 한다. 혈액투석 선택 환자는 혈류 속도를 유지할 수 있는 큰 혈관이 필수적이므로 사전에 동정맥루, 또는 동정맥 인조혈관 수술을 해서 혈관을 미리 성숙시켜 놓는다. 자기 혈관을 이용할 경우 혈관 숙성에 최소 6주에서 3개월 정도 필요하고 인조혈관인 경우에는 3~6주 정도 필요하다. 단 수개월 내에 이식이 바로 예정된 경우에는 경정맥관 삽관을 통해 단기간 혈액투석을 할 수도 있다. 복막투석 선택 환자는 투석을 시작하기 최소 2~4주 전에 복막 카테터를 삽입해야 한다. 카테터 삽입 후 바로 투석을 시행할 경우에는 투석액 누출 등 합병증의 가능성이 높기 때문이다.
혈액투석을 선택하였건 복막투석을 선택하였건 투석을 하다가 다른 투석법으로 바꿀 수도 있다. 혈액투석을 하던 중 뇌출혈이나 심장 질환이 발생하여 혈액투석을 계속하기 어려운 경우에는 복막투석으로 바꿀 수 있다. 마찬가지로 복막투석을 하다가 난치성 복막염이 발생하거나, 복강 내 유착이 심하거나 호흡곤란이 심하거나 허리통증이 심하여 복강 내 투석액 주입이 어려운 경우 혈액투석으로 전환할 수도 있다.
