전자레인지를 사용할 때는 주의해야 할 점이 많다. 폴리스티렌 재질의 컵라면 용기를 전자레인지에 넣어 끓이면 건강을 해칠 수 있다. 폴리스티렌은 열에 견디는 온도가 낮아 녹아 내릴 수 있기 때문이다.
타이완의 타이베이시 위생국이 편의점, 카페 등을 대상으로 뜨거운 음료용 플라스틱 컵 뚜껑의 내열도를 조사한 결과, 일부 폴리스티렌 재질의 컵 뚜껑에서는 변형이 일어났다. 폴리스티렌은 다른 재질에 비해 열에 약해 내열 상한온도가 섭씨 약 70~90도에 불과하다. 이를 초과해서 사용할 경우 발암 가능성이 높아진다. 타이페이시 당국의 조사 결과 발표 후 일부 업체에서는 내열성이 더 좋은 폴리프로필렌 재질의 컵 뚜껑을 사용하기도 했다.
전자레인지의 고주파에 의해 합성수지 그룻이 파손될 수도 있다. 원료물질로 사용된 포름알데히드가 고온에서 용출될 우려가 있는 것이다. 따라서 멜라민수지나 페놀수지, 요소수지는 전자레인지에 넣어 사용하면 안된다.
알루미늄호일(은박지)과 금속 용기는 전자레인지의 마이크로파가 투과하지 못하고 반사되기 때문에 식품이 가열되지 않는다. 또한 끝이 날카로운 금속에는 마이크로파가 집중되어 스파크가 일어날 수 있다.
식품의약품안전처에 따르면 전자레인지에서 사용할 수 있는 플라스틱 재질은 폴리프로필렌(PP), 결정화폴리에틸렌테레프탈레이트(C-PET) 등이 있다. 다만, 폴리에틸렌(HDPE)은 수분이 많은 식품에 사용하여야 하며, 지방이나 설탕이 많은 식품의 경우 전자레인지 가열 중에 100℃를 넘어 폴리에틸렌이 녹을 수 있다.
전자레인지에 넣을 수 있는 종이제품의 경우 젖었을 때 종이의 강도가 약해질 수 있다. 왁스코팅 종이는 식품에 왁스가 오염될 수 있어 별도로 전자레인지용으로 표기된 제품을 사용해야 한다.
유리제품 역시 전자레인지용으로 표기된 제품을 사용해야 한다. 다만, 간단히 우유를 덥히는 정도는 일반 유리제도 사용이 가능하다. 금속제 테두리가 있는 도자기 제품은 스파크를 발생하므로 사용하지 않도록 주의해야 한다.