우선 사용한 식기는 세척기에 넣기 전, 음식물 찌꺼기를 제거하고 따뜻한 물에 담가 미리 불려두면 세척 효율이 증가한다. 특히 쌀밥처럼 딱딱하게 말라붙는 음식물 찌꺼기가 남아있는 경우, 식기를 20℃ 이상의 물에서 1시간 동안 불려 세척하는 것이 좋다.
식기세척기에 그릇을 넣을 때는 기본적으로 음식물이 담기는 부분이 아래로 향하도록 하되, 밥그릇처럼 오목한 그릇은 엎어 놓고, 편평한 접시는 세워 넣어야 세척제 잔류를 줄일 수 있다.
내열온도가 낮은 폴리스티렌 소재 일회용 플라스틱 제품은 변색이나 변형이 일어날 수 있고, 너무 가볍거나 작은 식기는 수압에 의해 날려 내부 장치와 부딪칠 수 있어 주의가 필요하다.
세척제는 거품이 거의 발생하지 않는 식기세척기 전용제품을 사용해야 한다. 일반 주방세제를 사용해 거품이 많이 발생하면 세척 성능이 떨어지고, 감전·화재·고장 등이 발생할 수 있다. 세척제는 많이 사용하면 그릇에 잔류할 수 있으므로 권장량에 맞게 사용하도록 한다.
최종 헹굼 과정에서 분사되는 헹굼보조제 역시 권장량 이상 사용하면 식기 표면에 잔류할 수 있다. 헹굼보조제는 헹굼과 건조 과정에서 온도를 더 높여주면 잔류 방지에 도움이 된다.
