최근 장내 건강이 소화뿐 아니라 면역력 증강, 뇌 건강 등과 연관되어 있다는 각종 연구 결과가 나오면서 장내 미생물이 주목을 받고 있다. 통상 장내 미생물은 100조 마리 정도가 있으며, 장내 환경을 통해 유익균과 유해균이 균형을 이루고 있다. 장내 환경이 좋지 않을 경우 신체균형이 깨질 수도 있다.
하지만 프로바이오틱스를 의약품으로 다룰 것인지, 건강기능식품으로 다룰 것인지에 대한 합의는 아직 이루어진 상태는 아니다. 일반적으로 프로바이오틱스는 안전하다고 알려져 있지만 살아있는 미생물 섭취의 효능에 대해 여전히 과학적 증거가 부족하다는 평가도 받고 있다.